主任：陶勇，中国疾病预防控制中心农村改水技术指导中心常务副主任，研究员，硕士生导师。从事环境卫生工作多年，国内环境卫生领域知名专家。中华预防医学会理事、中华预防医学会农村改水改厕专业委员会副主任委员、卫生部环境与健康专家咨询委员会委员、卫生部环境卫生标准委员会副主任委员、全国爱卫会爱国卫生专家委员会农村改水改厕分委会副主任委员、中国公共卫生杂志和环境与健康杂志编委。

副主任：张荣，中国疾病预防控制中心农村改水技术指导中心副主任，研究员，硕士生导师，饮用水水质与健康领域专家。卫生部第一届环境与健康专家委员会委员、卫生部环境卫生标准委员会委员、中华预防医学会环境卫生分会常委、中华预防医学会环境工程分会委员。

副主任：田永建，中国疾病预防控制中心农村改水技术指导中心副主任。

综合办公室负责人：张琦，中国疾病预防控制中心农村改水技术指导中心业务办公室副主任、助理研究员。从事农村供水工程设计、建设与运行管理研究。

工程技术处负责人：曲晓光，主任医师。从事农村饮用水、环境卫生与健康影响研究。

环境卫生处负责人：付彦分，中国疾病预防控制中心农村改水技术指导中心环境卫生与健康教育室主任、研究员、卫生部环境与健康专家委员会的成员。主要从事农村卫生厕所的建造、垃圾与污水的管理、环境卫生监测与评价和相关的健康教育，在该领域发表和出版了多篇专业论文和书籍。